RMN se efectueaza pentru diagnosticarea anumitor afectiuni ca tumori, sangerare, leziuni, afectari vasculare sau infectii. Prin folosirea unei substante de contrast in timpul RMN, se pot vizualiza clar anumite tesuturi. O RMN este indicata pentru:

- regiunea cefalica - RMN poate detecta tumoti, anevrisme, sangerari la nivel cerebral, leziuni nervoase si alte afectiuni, ca si cele cauzate de accident vascular cerebral; RMN poate de asemenea detecta afectiuni ale nervului optic si globului ocular, ale urechilor si nervului auditiv

- regiunea toracica - RMN poate vizualiza cordul, valvele cardiace si vasele coronare; poate stabili daca plamanii sau inima sunt afectate; de asemenea poate fi folosita pentru diagnosticarea cancerului de san sau pulmonar

- vasele sanguine - RMN poate fi folosita pentru vizualizarea vaselor de sange si a circulatiei sangelui prin vase, in acest caz purtand numele de angiografie prin rezonanta magnetica; poate depista afectiuni ale venelor sau arterelor, ca anevrisme vasculare, un cheag la nivel vascular sau ruptura partiala a peretelui vascular (disectie); uneori se foloseste substanta de contrast pentru vizualizarea mai clara a vaselor sanguine

- regiune abdominala si pelvina - RMN poate depista diferite afectari ale organelor abdominale ca ficat, vezica biliara, pancreas, rinichi si vezica urinara; se foloseste pentru depistarea tumorilor, sangerarilor, infectiilor si diferitelor obstacole; la femei poate vizualiza uterul si ovarele; la barbati se poate vizualiza prostata

- oasele si articulatiile - RMN poate evidentia afectari ale sistemului osos sau articular, ca artrite, afectari ale articulatiei temporomandibulare, probleme ale maduvei osoase, tumori osoase, afectari ale cartilajului, rupturi de ligamente sau tendoane sau infectii; RMN poate afirma cu precizie daca un os este rupt sau nu, atunci cand radiografia este neclara; RMN se foloseste cel mai frecvent pentru depistarea afectiunilor osoase sau articulare

- coloana vertebrala - RMN poate vizualiza discurile si nervii coloanei vertebrale, putand diagnostica afectiuni ca stenoza de canal vertebral (stenoza spinala cervicala), hernie de disc sau tumori de coloana vertebrala.